Quiero definir una función cuando ingreso una cadena como covariable, la función colocará mi cadena en la ubicación específica y la transformará como una fórmula. Sé que mi código es incorrecto pero no sé cómo escribirlo.

Lo que quiero es cuando escribo covars <- "+s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7)" la función agregará covars a la fórmula de esta manera gam.model <- gam(cvd ~ pm10 +s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7), data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)

library(dlnm) # use chicagoNMMAPS data
library(mgcv)
# define myfun
myfun <- function(covars){
  covars <- covars
  gam.model <- gam(cvd ~ pm10 + covars, data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)
  summary(gam.model)

}

myfun("+s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7)")

Myfun debería hacer esto:

gam.model <- gam(cvd ~ pm10 + covars, data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)
1
zhiwei li 22 feb. 2020 a las 18:25

2 respuestas

La mejor respuesta

¿Estás buscando esto? No estoy seguro, pero prueba esto as.formula con paste0:

myfunc_formula <- function(covars){
return(as.formula(paste0('cvd ~ pm10 ', covars)))
}

Luego podemos usar esta entrada para gam(myfunc_formula(covars), data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T),

## In case someone wants to return the summary of given gam model
myfunc_formula_v1 <- function(covars){
gam1 <- gam(as.formula(paste0('cvd ~ pm10 ', covars)), data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=TRUE)
return(summary(gam1))
}

También podemos hacerlo flexible, proporcionando parámetros para la entrada, como el nombre de la variable de destino, etc.

Por ejemplo otra versión podría ser:

myfunc_formula_v2 <- function(covars, target='cvd'){
   return(as.formula(paste0(target, ' ~ pm10 ', covars)))
}

Salida :

> myfunc_formula(covars)
cvd ~ pm10 + s(time, bs = "cr", fx = TRUE, k = 7)

Dado covars = "+s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7)"

4
PKumar 22 feb. 2020 a las 17:09

paste0 funciona, pero reformulate es marginalmente más elegante:

myfun <- function(covars){
  form <- reformulate(c("pm10",covars), response="cvd")
  gam.model <- gam(form, data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=TRUE)
  summary(gam.model)
}
3
Ben Bolker 22 feb. 2020 a las 15:32