¿Alguien sabe si es posible excluir algunos valores p de la tabla de resumen (tbl_summary() con add_p())?

Además, ¿podemos cambiar la nota al pie sobre las pruebas utilizadas?

library(gtsummary)

mtcars %>%
tbl_summary(by = am) %>%
add_p()
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jbs 30 abr. 2020 a las 22:43

2 respuestas

La mejor respuesta

¡Estas son excelentes preguntas de personalización y las respuestas son SÍ!

En primer lugar, puede usar el argumento include = para la función add_p(), con un vector de caracteres de las variables que desea incluir (o excluir usando -), o cualquier tidyselect helper (es decir, starts_with()), para seleccionar qué valores p incluir la mesa.

A continuación, proporcioné un ejemplo utilizando los argumentos del paquete {gt} sobre cómo modificar las pruebas de listado de notas al pie predeterminadas. Se puede ver otro ejemplo en la {gtsummary} galería de tablas.

¡Buena suerte, espero que esto ayude!

library(gtsummary)
library(dplyr, warn.conflicts = F)
library(gt)

trial %>% 
  select(trt, stage, age, grade) %>% 
  tbl_summary(by = trt) %>% 
  add_p(
    include = c(-age) #Can use any tidyselect helpers/select syntax to specify which p-vals
  ) %>% 
  as_gt(include = -tab_footnote) %>%  # if using gt, can exclude footnotes this way 
  tab_footnote( # and can modify/add footnotes this way
    footnote = "Tests used are...",
    locations = cells_column_labels(columns = vars(p.value))
  )

enter image description here

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Margaret Hannum 30 abr. 2020 a las 20:28

Otra forma es modificar directamente la lista:

plouf <- mtcars %>%
  tbl_summary(by = am) %>%
  add_p()
plouf$table_body[1,"p.value"] <- NA
plouf$table_header[6,"footnote"] <- "my personal statistic test"
plouf

enter image description here

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denis 30 abr. 2020 a las 20:50