Agregar div después de cada 4 secciones y al final si queda alguna sección

Cuente el número total de secciones, mod 4 y si hay un resto, agregue el div después de la última sección

var div = $('<div>');
var sectionsLen = $('section').length;
if(sectionsLen % 4 !== 0) {
   $('#box').children().last().append(div);
}

Usando un elemento contenedor para el contexto de selección, verifique si el tipo del último elemento hijo es section:

$("#box section:nth-child(4n)").after("<div></div>");

if ($('#box').children().last().is('section')) {
    $('#box').append("<div></div>");
}

Demo de violín

Puede verificar si hay un div después de la última sección. Si no, agregue uno nuevo. Aqui esta el codigo

$("section:nth-child(4n)").after("<div></div>");
if (!$("section:last").next().is('div')) {
    $("section:last").after("<div></div>");
}

$ ("section: last") selecciona la última sección y luego el método next () selecciona el siguiente elemento y luego verifica si es un div. Si no es así, agrega un div después de la última sección. Espero que esto ayude.