Matriz dividida para incluir las más pequeñas basadas en la identificación

Como mencionó en su pregunta, la solución lodash también podría funcionar para usted, entonces loadash tiene un método listo para usar groupBy que puede lograr el resultado deseado.

import { groupBy } from "lodash";

const arr = [{id:1, count: 2}, {id: 2, count: 6}, {id: 2, count: 4}, {id: 1, count:4}]

const result = groupBy(arr, 'id');

console.log(result)

DEMO en funcionamiento

¡@domenikk mostró un muy buen ejemplo! Además, puede usar Ramda en lugar de Lodash para tener una función sin puntos =)

const arr = [
  {id:1, count: 2}, 
  {id: 2, count: 6}, 
  {id: 2, count: 4}, 
  {id: 1, count:4}
]

const groupById =  R.compose(
  R.values, 
  R.groupBy(R.prop('id'))
)


console.log(groupById(arr))

<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/ramda/0.25.0/ramda.min.js"></script>

JS puro, con reduce:

arr.reduce((acc, curr) => {
    let existing = acc.findIndex(elem => elem.some(obj => obj.id === curr.id));
    if (existing > -1) {
      acc[existing].push(curr);
    }
    else {
      acc[acc.length] = [curr]
    }
    return acc;
}, []);